Aunque el interior de la cueva no es el medio más idóneo para el desarrollo de la vida vegetal, hay que señalar que con el impacto humano, se han introducido en la misma determinadas especies de musgos, algas y líquenes, que de alguna manera rompen la primitiva uniformidad del interior de la cavidad. Dadas las características físicas de la entrada, no existe un gradiente de iluminación, por lo que en muy poco espacio se pasa del exterior al interior totalmente oscuro. Las condiciones actuales de iluminación, que han permitido el desarrollo de vegetales en el interior de la cueva, son totalmente artificiales, por lo que las especies pueden considerarse extrañas al componente biótico natural de la Cueva.

Tras el análisis de las muestras recogidas, según iluminación, humedad, sustrato y temperatura, los grupos de vegetales encontrados en el interior de la cavidad corresponden a Musgos, Líquenes, Algas Verdes y Algas Verdes-Azuladas, siendo variables las proporciones de cada especie, dependiendo de los gradientes de luminosidad y humedad, por tanto la ausencia de energía lumínica es el factor determinante de la no aparición de vida vegetal en el interior de la Cueva, ya que el componente biótico encontrado ha sido introducido con posterioridad al descubrimiento.

La composición florística va a variar fundamentalmente por la proximidad al emisor de energía y por lo tanto la temperatura, el grado de inclinación, calidad de sustrato, el aporte hídrico y la calidad atmosférica, así pues los vegetales son indicadores o mecanismos naturales del grado de contaminación de áreas determinadas. Desde hace 10 años se vienen realizando estudios cualitativos y cuantitativos de las zonas de flora verde, en forma de las llamadas "manchas de fieltro", tanto de las paredes como en formaciones de estalactitas. Estos estudios se han realizado observando tanto las modificaciones estacionales, como también teniendo en cuenta las cifras de visitantes y los períodos de iluminación.

Cada especie biológica prospera en su medio ambiente mientras las condiciones son favorables para su desarrollo. Cuando se produce un cambio físico o químico, como un aumento de temperatura, disminución de humedad o incremento del sustrato orgánico, como ocurre en el interior de la Cueva, hace que las condiciones de crecimiento sean más favorables a otras especies. El organismo que estaba bien adaptado a las condiciones ecológicas iniciales, cede su lugar a un organismo mejor adaptado. Por eso los factores ambientales tienen un papel selectivo sobre las poblaciones animales, vegetales o microbianas.

En el interior de la Cueva no se puede hablar de la existencia de suelos propiamente dichos, pues lógicamente no aparecen los factores que son necesarios para la génesis y desarrollo de tales suelos, sin embargo se han hecho, igualmente, estudios y análisis de muestras recogidas especialmente en las galerías turísticas, con el propósito de observar la posible degradación de los mismos, generada por el aporte de materia orgánica y proliferación de microorganismos a partir de elementos exógenos.

El nitrógeno es una sustancia clave para el crecimiento microbiano y por ende, para la degradación de materia orgánica, aunque en la cueva no sobrepasa el 0,46%, éste puede proceder de diferentes medios, del drenaje de aguas nitrogenadas superficiales, de la propia atmósfera y del aporte de material orgánico, aunque el único aporte natural que debería tener la Cueva, sería el generado por la fauna Murcielagina.

La afluencia de visitantes también produce contaminación biológica, ya que al aumentar el número de visitas, se incrementa la materia orgánica del suelo en los puntos de paso obligado, mientras que en los demás puntos permanece prácticamente invariable, así pues los aerobios totales por gramo de suelo aumentan al incrementarse la afluencia de turistas.

De las muestras recogidas en la cueva se ha podido observar una abundante entomofauna, entre ellas diferentes especies de araneidos, polillas y ortópteros, de una gran sensibilidad a variaciones del medio ambiente, por último queda también patente la abundancia de hongos en la cueva con distintos tipos de mohos; estos organismos son formas biológicas adaptables a medios muy severos y de los primeros colonizadores de la mayoría de ecosistemas.

Fuente: Dto. de Biología Celular de la Universidad de Málaga. Dto. de Biología Vegetal de la Universidad de Málaga.